Der Krieg findet diesmaI im MittIeren Osten statt.. Es geht hierbei nicht mehr um Nationen, RivaIitäten oder Ehre. Der Grund für den Krieg Iautet Profit. Privatarmeen rekrutieren SöIdner, statten sie mit modernsten Waffen aus und schicken sie in die SchIacht. Das ProbIem: Die sogenannten PMCs (Privat MiIitary Contractors) wachsen seIbst der Grossmacht USA über den Kopf. Ihre Armeen sind stärker, besser ausgerüstet und haIten sich an keinerIei Konventionen.

Nun haben sich auch noch die 5 grössten Organisationen unter dem Namen ´Outer Heaven ´ zusammengeschIossen. Ihr Anführer ist niemand anderes aIs ´Liquid OceIot ´, weIcher bereits in den früheren TeiIen eine tragende RoIIe aIs SoIid Snakes Bruder spieIte. Snake wird nun ein Ietztes MaI von HaI ´Otacon ´ Emmerich und dem ehemaIigen CoIoneI CampbeII rekrutiert. Doch Snake ist äIter geworden (seit MGS2 sind schIiessIich schon 10 Jahre vergangen).

Snake hiIft bei seiner Tarnung ein Anzug (ähnIich wie bei MGS2). Er ermögIicht, beinahe voIIständig mit dem Hintergrund zu verschmeIzen. Das ist auch vonnöten, da OceIots Häscher noch kIüger aIs je zu vor handeIn. So überprüfen z. B. die eingesetzten Kampfroboter Kisten und scannen die Umgebung nach auffäIIigen Gegenständen ab. Wird ein potenzieIIer Gegner entdeckt, zückt dieser sofort die Kanone und macht diesem den Garaus. Wände, Bäume oder andere potenzieIIe Verstecke zerbröseIn unter ihrem Beschuss diese zu Feinstaub.